病理科是集临床病理诊断、教学培训、科学研究于一体的重要学科。本科目前建有综合组织病理学诊断室、术中冰冻病理诊断室、细胞病理学诊断室、疑难病理会诊室、远程病理会诊室、多个亚专科病理诊断室等9个临床病理诊断室单元和标准化病理标本取材室、综合组织病理技术室、免疫组化室、分子病理室、细胞病理室、尸体解剖室等12个临床病理技术实验室单元。已建立病理全流程信息管理/图文报告系统和全自动数字切片扫描/远程病理会诊系统。开展软组织肿瘤病理、消化道病理、肝胆胰病理、神经病理、乳腺甲状腺病理、妇科病理、骨科病理、淋巴造血病理及泌尿生殖病理等临床病理诊断及亚专科病理诊断，可承担来自全国各地的疑难病理会诊工作。

科室现配置有十人共览显微镜、荧光显微镜、全自动冰冻切片机、自动脱水机、HE自动染色仪、自动数字病理切片扫描仪、自动免疫组化仪、荧光定量PCR仪等先进仪器设备。